当前，虽然农民专业合作社发展迅速，但也存在规模小、运作不规范、管理不到位等诸多问题，为此，我们建议：
一要理顺管理体制，形成强大工作合力。农民专业合作社发展涉及农业、林业、畜牧、渔业、财政、税务、工商、劳动等多个部门和行业。各级党委、政府要高度重视，把大力发展农民专业合作社工作摆上农村经济工作的重要议事日程。要根据各部门的管理职责，建立联席会议制度，围绕合作社的规范发展，加强沟通联系，形成政府主管、各相关部门齐抓共管的工作机制。相关部门要定期开展调查研究，发现问题，解决问题，从政策上加以扶持，在业务上加以指导，齐心协力推进农民专业合作社发展。
二要加强宣传引导，营造浓厚舆论氛围。一方面，要广泛宣传国家关于扶持发展农民专业合作社的相关法律法规和配套措施，以及合作社在促进农村经济发展、农民增收、农业产业结构调整等方面的积极作用，消除干部和群众对农民专业合作社的模糊认识，让广大农民了解政府对农民专业合作社的扶持态度、优惠政策，熟悉农民专业合作社的创建流程、运作模式等；另一方面，要培养树立农民专业合作社示范典型，并加大宣传力度，定期开展农民专业合作社发展现场会、经验交流会，组织开展对先进农民专业合作社评定活动，不断扩大典型示范带动的影响力。
三要加大政策扶持，畅通优质服务环境。要严格落实国家税收优惠政策、农业政策、财政政策，对农民专业合作社予以有效支持。相关部门之间要搞好配合，做好组织协调，畅通优质便捷、高效务实的服务环境。要在认真抓好农民专业合作社从业人员教育培训的基础上，抓好各级领导的培训，提高他们的政策水平和指导农民专业合作社发展的能力。
四要强化帮扶监管，建立良好发展机制。要把农民专业合作社与产业发展密切结合起来，鼓励农民围绕主导产业和地方特色产业，大力发展“一品一社”等形式的农民专业合作社。要支持有条件的农民专业合作社自办加工流通企业，形成“农户+农民专业合作社+公司”的模式。要大力推广“龙头企业+商标（地理标志）+农民专业合作社”的经营模式，支持龙头企业参与兴办农民专业合作社，积极注册商标，推进品牌建设，促进做大做强。要建立信用监管制度，健全农民专业合作社登记管理数据库和信用分类监管制度，规范经营行为，促进农民专业合作社规范健康发展。要按照企业信用分类监管的要求，在合作社中开展诚实守信活动，完善信用评定制度，并根据不同的信用类别，实施不同的监管措施。